"I'm sorry I don't quite understand what you say."
(すみません仰ることがよくわからないのですが。)
解説
"I don't quite agree with you."の部分否定は相手の言い分を大分認めた上で、一部分を否定する形ですから、相手の「めんつ(face)」を立てた表現として好まれるのです。日本語の「よく分からない、よく知らない」の「よく」も同じです。大体分かるがよくはわからない、大部分は知っているが完全には知らない」という部分否定のやわらげ語法ですね。